Национальный парк «Онежское Поморье» учреждался в соответствии со статьей 14 Федерального закона от 14 марта 1995 г. № 33-ФЗ «Об особо охраняемых природных территориях» для сохранения и восстановления природных комплексов, их компонентов и поддержания экологического баланса. Создание данного национального парка осуществлялось в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 22 декабря 2011 г. № 2322-р «Об утверждении Концепции развития системы особо охраняемых природных территорий федерального значения на период до 2020 года и плана мероприятий по реализации Концепции развития системы особо охраняемых природных территорий федерального значения на период до 2020 года».

Работы по организации национального парка на Онежском полуострове начались в 1997 году. К 2002 году границы национального парка были согласованы в установленном порядке со всеми правообладателями земель, в результате чего администрацией Архангельской области принято постановление от 15 мая 2003 г. № 81 «О мерах по организации национального парка «Онежское Поморье» по резервированию участков лесного фонда для создания на них национального парка. 

В 2004 году администрацией Архангельской области утвержден акт выбора земельного участка, который согласован со всеми заинтересованными органами государственной власти.

Создание национального парка поддержано в ходе проведенных  общественных слушаний и согласовано с заинтересованными сторонами. Соответствующие материалы комплексного эколого-экономического обследования территории, обосновывающие придание ей статуса национального парка, прошли государственную экологическую экспертизу, положительное заключение которой утверждено приказом Ростехнадзора от 7 декабря 2009 г. № 1013.

В 2008 году земельный участок, на котором располагается проектируемый национальный парк (в согласованных в 2007 году границах) поставлен на государственный кадастровый учет. Общая площадь национального парка по результатам землеустроительных и кадастровых работ - 201668 га, в том числе, земли лесного фонда площадью 180668 га в Онежском и Приморском районах Архангельской области и земли водного фонда площадью 21000 га (без изъятия их из хозяйственной эксплуатации) в акватории Унской губы Белого моря (в границах Унского государственного природного биологического заказника регионального значения).  

22 июня 2016 года вышел приказ Минприроды России о реорганизации ФГБУ «Национальный парк «Кенозерский» и Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный парк «Онежское Поморье» в форме присоединения к ФГБУ «Национальный парк «Кенозерский» ФГБУ «Национальный парк «Онежское Поморье". 

КАРТА-СХЕМА ФУНКЦИОНАЛЬНОГО ЗОНИРОВАНИЯ ТЕРРИТОРИИ НАЦИОНАЛЬНОГО ПАРКА "ОНЕЖСКОЕ ПОМОРЬЕ"