Направления работы научного отдела национального парка:

- Ведение экологического мониторинга таежных и морских экосистем национального парка. В индивидуальную программу работ включены 32 вида экологического мониторинга

- Научное обеспечение эколого-просветительской деятельности национального парка и развития познавательного туризма. Работы ведутся в следующих направлениях:

· Организация деятельности школьного клуба «Онежский следопыт» в деревне Летняя Золотица
· Подготовка и проведение лекций и экскурсий для посетителей и сотрудников парка
· Подготовка научно-популярных материалов о деятельности национального парка для СМИ
· Описание познавательных маршрутов для посетителей парка
· Создание фотоархива биоты и природных комплексов национального парка
· Создание научных коллекций

- Проведение научных исследований с целью оптимизации охраны редких видов растений и животных и природных комплексов. 

В 2014 году организованы совместные экспедиции с ведущими научными и природоохранными учреждениями по следующим направлениям:    

    1. Географический факультет МГУ, Карельский научный Центр, Петрозаводск – оценка исторических изменений береговой линии Белого моря, изучение истории формирования рельефа на территории национального парка (радиоуглеродное датирование образцов торфа из озер и болот) (январь, 2014; июль 2014).
    2. Институт океанологии РАН – оценка популяций морских млекопитающих методом биоакустических исследований (март 2014)
    3. Институт географии РАН – учет птиц на весенней миграции в Унской губе (май 2014)
    4. Университет Гронингена, Нидерланды - мониторинг популяций биоценотически значимых видов инструментальными методами (применение геолокаторов для изучения миграций полярной крачки) (май - июнь 2014)
    5. Институт океанологии РАН, СПб государственный университет, Калининградский государственный университет - Исследования и мониторинг экосистем литорали (Проект ПРООН\ГЭФ «Укрепление морских ООПТ», июль – октябрь 2014)
    6. Биологический факультет МГУ - Организация системы мониторинга таежных сообществ (август 2014)
    7. Всемирный Фонд Дикой природы (ВВФ, Москва) – проектирование морской охранной зоны национального парка (включая экспедиционные подводные исследования экосистем сублиторали) (август – октябрь 2014)
    8. Всемирный Фонд Дикой природы (ВВФ, Архангельск) – проектирование наземной охранной зоны национального парка (июль – октябрь 2014).
    9. Факультет географии и геоэкологии Санкт-Петербургского государственного университета - исследования, направленные на перспективу развития сети маршрутов экологического туризма на территории парка, изучение мегалитических объектов на территории НП «Онежское Поморье» (август 2014)

Индивидуальная программа экологического мониторинга в национальном парке "Онежское Поморье"